《仙剑3》的故事背景发生在《仙剑1》之前50年，那时候李逍遥还不存在，而李逍遥的父亲李三思才刚刚出生不久。一切的开始，是从锁魔塔顶部突然塌陷，封印被解除的那一刻开始的。
神界之中，飞鹏与魔尊正楼因为两人的矛盾而不断交战，始终难分胜负。他们逐渐对彼此产生了同情，没有发生争斗，也没有认识对方。这一行动引起了天帝的不满，天帝派兵抓捕飞鹏询问。这导致飞鹏在与重楼的战斗中分心，导致他的剑被重楼击倒在地，导致他惨败。
经过无数次的轮回，成为了《刀剑3》的主角景天。景天的性格是当铺男孩。一天晚上，正在房间睡觉时，唐氏族长的孙女唐雪见（以下简称雪见）闯入。雪见把爷爷的紫砂壶弄坏了，她去找景天，希望紫砂壶能修好。
这时，地震发生了，两人倒在了一起。景天不慎被雪见身上的毒暗器所伤。于是两人约好第二天在城外的竹林里见面。景天将修好的紫砂壶交给雪见，以换取解药。
雪见回到家后，无意中听到有人想要杀害她的爷爷。匆忙中，她遇到了一个花瓶，引来了敌人。最后，她掉进了一条密道，并在密道里遇到了一个叫花影的男人。花影在密道中打开了一条路（实际上是她突破的），雪见一行人逃了出来。
景天来到唐家堡，与门卫交谈后得知雪见已被逐出唐门，景天无奈又回到了当铺。
晚上回到当铺后，他遇到了一个来典当剑的红发男子。景天给了他一张当票。奇怪的事情发生了。晚上他起身去洗手间的时候，发现自己收藏的剑就在自己身边。景天吓得跑了出去，却撞到了同样在逃命的雪见（这就是缘分）。
在雪见的威逼利诱下，景天决定跟随雪见闯入世间。途中，他们遭遇了霹雳堂弟子的拦路。战斗中，魔剑开始吸收惊天的精气，让他昏了过去。落下。这时，两人被路过的船上的一男一女救起。
救他们的两人分别叫长青和紫轩。长青是蜀山派弟子，紫玄是女娲后裔。两人打算前往蓬莱寻求帮助。于是景天和雪见就加入了他们的队伍，一起去了。
当众人来到蓬莱的时候，却发现蓬莱仙宗弟子的尸体遍地都是。终于，他们在蓬莱仙宗御剑殿见到了蜀山道长青薇，准备对蓬莱掌门下手，紫轩却认出了青薇。韦道士是假的，于是双方打了起来。
当大家都失败的时候，重楼的出现帮助大家走出了危机。
随后，紫轩想尽快返回蜀山，雪见也想回唐家堡看望爷爷。于是景天跟着雪见回到了唐家堡。后来发现爷爷已被霹雳堂杀害，而雪见本人也遭到了唐氏家族的排挤。于是雪见伤心地冲出了门。
没有找到雪剑，景天只好回到当铺取回自己的物品，并决定在城隍庙过夜，而此时魔剑中却出现了一个女人。该女子称自己为龙葵，并认定景天是她的亲戚。茄子本是古姜国的公主。国家灭亡后，她跳入炼剑炉自杀，索兰姆的灵魂因此与魔剑合二为一。
在多年的实践中，茄子养成了两种性格：安静和火热。第二天，景天和茄子看到竹林里有两个唐门弟子刁难雪见，景天就过来帮忙。
随后，雪见就觉得自己好像很嫉妒索兰姆的长相。但因为他觉得龙葵只是一个没有实体的幽灵，所以他不再追捕它。雪见告诉景天，他要去霹雳堂讨回公道。
三人来到霹雳堂，发现这里的人过着生不如死的生活。子轩被发现关在霹雳堂的牢狱里。救出紫轩后，一行人决定前往蜀山。
由于找不到客栈，大家就住在村民万玉志家里。晚上，景天等人发现万玉芝正在对自己的丈夫施法。众人以为她是在释放魔法，纷纷上前阻止。万玉之大败，逃入古藤森林。后来发现这是一场误会。景天等人最终决定帮助万玉芝寻找地灵珠。
经过众人的寻找，终于找到了地灵珠。这时，霹雳堂的领袖罗如烈出现，但众人尝试却都失败了。这时，古藤林中遇到的一只猴子帮忙抢回了地灵珠，却受了重伤。猴子临终前，将绝招飞龙探云手传授给景天。后来景天将这一招传授给徒弟李三思。李三思将这一招传给了儿子李逍遥。
大家用地灵珠救了万玉芝的丈夫。说起来，我第一次玩这个的时候，就觉得万玉芝的剧情和彩衣很像。大家决定稍后去蜀山。
经过长途跋涉，众人见到了蜀山首领，青微道长。这时，常青和假教主也出现了，双方打了起来。战斗中紫轩受伤，假首领被击退。后来，众人才知道，这位假教主名叫邪剑仙。它是长老们在年幼时使用禁咒将邪恶念头驱逐出身体而形成的。
正因为邪剑仙是长老的一部分，所以他可以随意幻化为几位长老之一。
随后，长清奉命寻找五颗灵珠，重新封印锁妖塔，惊天等人自然也加入了。一行人前往雷州，开始寻找雷灵珠。随后雪见因嫉妒而离队，却遭到妖怪袭击，最终被雷州刺史雷云亭所救。
所有人都在雷云霆的体内找到了雷霆灵珠。这时，重楼再次出现，告诉众人其中一颗灵珠在神界，并为他们打开了通往神魔之井的通道。
众人来到神界，得知神树女神汐瑶出事了。遇见夕耀后，景天知道他前世是天庭神将。雪剑是夕耀用神树果实所创造的。随后，汐瑶将风灵珠还给了惊天等人，并送众人返回了蜀山。
回到蜀山后，众人得知镇魔剑就在锁妖塔内。由于蜀山弟子无法进入，景天等人自告奋勇前去，并在击败妖后后获得了镇妖剑。
当众人准备将镇魔剑交给清微道长时，邪剑仙再次出现，夺走了镇魔剑，并杀死了雪剑和清微道长。景天等人大为震惊。长晴告诉景天，要想救雪见，就必须先救自己的灵魂。
一行人来到丰都鬼城。景天发现雪见即将转世。幸亏茄子及时救了雪见。因为进入鬼界后大家就走散了，大家又开始寻找紫轩。找到紫轩后，他们通过交谈得知，鬼界的火鬼王可能拥有火灵珠。
一行人找到了火鬼王，并成功获得了火灵珠。
一行人再次返回蜀山，却发现邪剑仙盗走了雪剑的尸体。众人在冰风谷门口，发现邪剑仙正准备对雪见施法，一场较量就此展开。这时，重楼再次出现，帮助众人击败邪剑仙。
这时，常青让众人前往剑墓，帮忙阻止邪剑仙锻造兵器。邪剑仙用妖剑和镇魔剑打造出一件超级兵器，刺入了惊天的胸口。
这时，令人心痛的剧情出现了。玩家需要选择牺牲一个人来复活景天。如果选择镇魔剑，就必须牺牲夜影。如果选择魔剑，就必须牺牲雪剑（仙剑常见的心碎套路）。
复活后，景天和众人终于消灭了邪恶剑仙。此时，锁魔塔开始倒塌，因为还没有找到水灵珠，无法修复。就在众人束手无策的时候，紫轩上前施法，原来水灵珠就在她的体内。紫轩将自己的修为传授给长清，然后准备以自己的生命为代价，再次封印锁妖塔。
此时，如果景天和紫轩的亲和力高的话，就会进入紫轩的结局。这时，重楼出现，救出了紫轩，并用神通修复了锁妖塔。长青，获得修为，成为蜀山掌门。
其他结局中，紫轩将被牺牲，景天挺身而出阻止钟楼与长青的对决，并擒获雪见。此时，景天和重楼正在进行决斗。如果战斗失败，选择牺牲茄子，就会进入雪域结局。景天寻找落入人间的雪见，两人终于在约定的竹林再次相遇。
如果战斗失败，选择牺牲雪剑，就会进入茄子的结局。 《龙葵》中红葵的人格离开又回到现实。索兰向景天跑去，两人就在一起了。
用户评论
从此我爱的人都像你
哇，仙剑奇侠传3的故事真的是太经典了，每次想起那些场景都热血沸腾。不过结局好难过啊，为什么每次都要经历生死离别呢？
有8位网友表示赞同！
心悸╰つ
我全结局都玩完了，每次都哭得稀里哗啦的。特别是雪见和龙葵的故事，真是让人心疼。
有10位网友表示赞同！
凉城°
仙剑3的剧情真的很紧凑，每个角色都有自己独特的魅力。不过最后一个结局真的太虐心了，我还记得当时玩的时候直接关掉了游戏。
有20位网友表示赞同！
荒野情趣
我只能说，仙剑3的故事太感人，每次玩到飞蓬和紫萱的时候都会忍不住掉眼泪。
有16位网友表示赞同！
々爱被冰凝固ゝ
结局虽然悲伤，但也是因为这样才让整个故事更加深刻。我玩了无数遍，每次都有不同的感受。
有20位网友表示赞同！
秘密
仙剑3的故事线真的很复杂，每个角色都有自己的背景故事，不过最后一个结局真的让人难以接受。
有15位网友表示赞同！
一生只盼一人
我可是从初中玩到现在的仙剑3玩家，每次重温都会被它的故事所吸引，只是结局太沉重了。
有19位网友表示赞同！
孤岛晴空
仙剑3的故事设计得太好了，每个角色都有血有肉，尤其是龙葵，她的故事线太感人了。
有17位网友表示赞同！
颜洛殇
我玩了所有结局，每个版本都有不同的感人之处，但那个最终的大团圆结局我还是最喜欢。
有9位网友表示赞同！
余温散尽ぺ
仙剑3的故事太吸引人了，我玩了无数次，每次都能发现新的细节和感动。
有13位网友表示赞同！
疯人疯语疯人愿
结局虽然悲伤，但这也是仙剑系列一贯的风格。我喜欢这种能让人思考的故事。
有8位网友表示赞同！
相知相惜
我第一次玩仙剑3的时候就被它的故事深深吸引，虽然结局难过，但我还是被它的魅力所折服。
有13位网友表示赞同！
烟雨离殇
仙剑3的每个角色都有自己的故事，尤其是景天和雪见，他们的爱情故事太美好了。
有13位网友表示赞同！
心亡则人忘
我玩仙剑3的时候，每次都被龙葵的故事感动得想哭，她的命运太坎坷了。
有18位网友表示赞同！
冷落了♂自己·
结局虽然悲伤，但我还是觉得仙剑3的故事非常完整，每个角色都有自己的归宿。
有17位网友表示赞同！
无所谓
我玩了所有结局，虽然每次都哭得不行，但每次都能找到新的感动和希望。
有5位网友表示赞同！
＊巴黎铁塔
仙剑3的故事太深刻了，每次玩都会有新的收获，只是那个结局太让人心痛。
有18位网友表示赞同！
命里缺他
我可是从小学开始玩仙剑3的，虽然现在长大了很多，但每次重温都会被它感动到。
有6位网友表示赞同！