大结局中，最催人泪下的是小美接饭盒的那一幕。徐天堂等了梅十年，两人终于解开了心结，走到了一起。他们约定不再分开。但没过多久，梅姐就被注射了毒药，出现了急性器官衰竭。她与徐天堂交换感情后吐血身亡。这对广受观众欢迎的CP竟然还是BE，让不少观众不敢相信。
不过，这可以算是《使徒行者》系列的“招牌”。毕竟，剧中的四对CP，无一逃过编剧的“毒手”。莫贤卿前八集就死了，卓先生三年后出狱。他不但没能成为一名警察，还失去了妻子。第20集左右，被曝种子女友丁洁失踪了，就连暗恋他的下属蓝楠也失踪了。收到盒饭后；结局中，以为痛苦已经过去的梅姐又吐血而死。
剧中四对情侣中，只剩下庞浩阳和窦雅希这对“北冰洋”了。然而，其中一个是黑帮分子，另一个是警方在黑帮中安插的卧底。站在对立面的两个人，注定不会在一起。果然，他们不可能在一起。最终，阿斗亲手擒获庞浩阳，将其投入大牢，北冰洋CP也被斩首。
至于主线剧情，本来以为郑则仕饰演的健哥会是终极boss之类的，结果他只出来打酱油4集。压轴的，是魏作荣扛起了大戏。最终，韦作荣与宝种进行了最后的对决。韦作荣如愿收到了饭盒，却没想到开枪打死韦作荣的却是笑哥。至于他为何枪杀魏作荣，只能等到下个赛季才能找到答案。
除了笑哥之外，《使徒行者3》大结局最大的彩蛋恐怕就是殷天下的“复活”了。为了隐藏自己的身份，韦作荣让尹天下沉默了，但在最后一集中，他竟然活着出现，而且他并不是尹天下。他似乎是一个更加邪恶的存在，这也给第四季留下了悬念。
当然，说到结局最大的悬念，那就是“丁姐在哪里？”最后一集与第一集相呼应，也就是Seed去找“画家”的部分。由于佘诗曼本季没有定档，阿丁这个角色一直活在别人的记忆里，称自己在国外执行任务时失去了联系。如果下一季能配合佘诗曼的档期，编剧估计会安排Seed与丁姐重聚。
用户评论
志平
《使徒行者3》真的太失望了，烂尾不说，CP都是BE，这结局让我看不懂，完全不支持这样的剧情。
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你身上有刺，别扎我
哎，我也是看了《使徒行者3》才知道什么叫做烂尾，4对CP都是BE，感觉编剧是不是在逗我们玩呢？
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高冷低能儿
《使徒行者3》的结局真的太烂了，CP全BE，而且剧情毫无逻辑，这让我对整个系列都失望了。
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拉扯
看了《使徒行者3》的结局，我只能说编剧是不是在开玩笑？4对CP全是BE，这剧情太不正常了。
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孤自凉丶
《使徒行者3》的结局真的让我无法接受，CP都是BE，而且剧情逻辑混乱，感觉就像是在胡编乱造。
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此生一诺
《使徒行者3》的烂尾让我彻底失望了，4对CP全是BE，这结局太让人心寒了，再也不追这个系列了。
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日久见人心
哎，谁说《使徒行者3》不会烂尾？结局就是CP都是BE，这编剧是故意的吗？太气人了。
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陌颜幽梦
没想到《使徒行者3》的结局竟然是4对CP全是BE，这剧情太让人费解了，感觉就像是在开玩笑。
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焚心劫
看了《使徒行者3》的结局，我只能说编剧是不是在逗我们玩？CP都是BE，剧情毫无逻辑，太不认真了。
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鹿先森，教魔方
《使徒行者3》的烂尾让我心痛，4对CP全是BE，这结局太不符合逻辑了，真的太失望了。
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伱德柔情是我的痛。
《使徒行者3》的结局让我彻底崩溃，CP都是BE，这剧情太不科学了，感觉编剧是在瞎编。
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〆mè村姑
哎，《使徒行者3》的结局太让人失望了，4对CP全是BE，这编剧是不是有什么深意啊？
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各自安好ぃ
看了《使徒行者3》的结局，我只能说编剧是不是在逗我们玩？CP都是BE，剧情太不正常了。
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绳情
《使徒行者3》的烂尾让我彻底绝望，4对CP全是BE，这结局太不尊重观众了，太失望了。
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该用户已上天
哎，谁说《使徒行者3》不会烂尾？结局就是CP都是BE，这编剧是故意的吗？太不专业了。
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将妓就计
《使徒行者3》的结局太烂了，CP都是BE，这剧情太让人费解了，感觉编剧是在胡编乱造。
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为爱放弃
看了《使徒行者3》的结局，我只能说编剧是不是在开玩笑？CP都是BE，这剧情太不正常了。
有17位网友表示赞同！
烟雨萌萌
《使徒行者3》的烂尾让我彻底失望，4对CP全是BE，这结局太不尊重观众的感情了，再也不追了。
有10位网友表示赞同！