第一个重大挫折是学校建设工作陷入不同改革派系的内讧。
1898年运动期间的维新派分为两大阵营：“康党维新派”和“非康党维新派”。前者支持康有为及其学说，主要是梁启超为首的康门弟子，以及一些低层御史；后者对康有为印象不好，大多反感他的教诲。这些人都是朝廷中掌握实权的重臣。也是当时改革必须依靠的骨干力量。因为大学堂是改革的风向标，两个阵营都想在大学堂的建设上起带头作用。
这次内部斗争主要集中在“谁来制定《大学堂章程》”和“谁来担任总指导员”两个问题上。前者与具体课程的设置有关，后者与师资的聘用有关。康党希望具体课程由梁启超制定，教材由康党控制的上海编译局提供，主要教学职位由康有为等教职人员担任。由康有为提名并聘任。但包括教育部长（教育部部长）在内的非康党改良派坚决抵制康党党的上述愿望。
第二个分歧是，建校期间，几乎没有人讨论过“西学”问题。相反，他们继续围绕“儒家经典”展开斗争。
晚清为了自强，其改革方向应该是向西方学习，而首都大学的定位本来就是与日本东京大学看齐的。然而，无论是康党党还是非康党党，对西学都了解甚少。按照康党的设想，确立“儒学”是中国对抗西方、实现自强不息的终极法宝。他们曾表述自己的思想：“儒家”高于“清朝”，“我们这一代人的目的是传教，不是搞政治”。因此，他们主张“肃王变法”（封孔子为“肃王”，即不掌握世俗权力的宗教领袖），想帮助康有为（又名常肃）苏王现在的状况。为了证明这一政治哲学的合理性，康有为对儒家经典进行了实质性改造。这种转变遭到了除康门弟子之外的士大夫圈子的普遍抵制。
最终，晚清最高大学的建设变成了两派相互倾轧中的一场闹剧。此后，大学礼堂虽仍建立并开放上课，但已被所有学生废弃。
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用户评论
青楼买醉
哎，首都大学这么有历史意义的学府，竟然被毁，真是可惜啊！
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蝶恋花╮
光绪下令建立首都大学，结果创始人鲁莽斗争，毁掉了一个时代的希望。
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々爱被冰凝固ゝ
这个创始人真是鲁莽，首都大学毁在他手里，晚清的教育事业损失惨重。
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心亡则人忘
首都大学啊，听起来就很有分量，没想到被这样毁了，让人心痛。
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♂你那刺眼的温柔
历史有时候就是那么残酷，首都大学被毁，晚清的教育事业倒退了多少年啊。
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一尾流莺
鲁莽斗争毁掉首都大学，这可是晚清的最高学府，真是太遗憾了。
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淡抹丶悲伤
首都大学，一个曾经的教育圣地，如今只剩回忆，创始人真该好好反思。
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墨染天下
晚清最高学府被毁，创始人鲁莽斗争，这背后的故事让人深思。
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服从
首都大学毁于一旦，真希望那个创始人能有机会重新来过。
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心悸╰つ
首都大学，一个曾经的光辉名字，如今只能存留在历史的长河中。
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病态的妖孽
鲁莽斗争毁掉首都大学，晚清的教育事业真是命途多舛。
有6位网友表示赞同！
龙卷风卷走爱情
首都大学，一个时代的遗憾，创始人鲁莽斗争，毁掉了一个时代的梦想。
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大王派我来巡山！
首都大学，一个曾经的教育重镇，如今只剩一片废墟，真是令人惋惜。
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醉婉笙歌
鲁莽斗争毁掉首都大学，这可是晚清教育界的损失，创始人真的该好好反思。
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身影
首都大学，一个曾经的教育明珠，如今只能化为泡影，创始人鲁莽斗争，让人痛心。
有17位网友表示赞同！
冷嘲热讽i
晚清最高学府毁于一旦，创始人鲁莽斗争，这背后是不是有更深层次的原因呢？
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敬情
首都大学，一个曾经的教育传奇，如今却只能成为历史的尘埃，真是让人感慨万分。
有8位网友表示赞同！
别伤我i
首都大学被毁，创始人鲁莽斗争，这让我想到，有时候过度的热情也可能带来毁灭。
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┲﹊怅惘。
首都大学，一个曾经的教育圣地，如今只剩遗憾，创始人鲁莽斗争，毁掉了一个时代的辉煌。
有14位网友表示赞同！